“砂拉越浸信会的历史并不悠久，是从一对来自美国南部浸信会宣教夫妇——Bob（文宝）和Dorothy Evans开始。师母Dorothy Evans来自宣教士世家，而她是第4代宣教士。她在中国桂林出生，生活了8年。由于当时是二战时期，师母也经历了日本人轰炸桂林的时刻。之后，师母一家去了台湾，后回美国读神学，期间，遇到了文宝牧师，自己也成为宣教士。”负责第四讲的方宝宪长老谈及砂拉越浸信会历史时，如是指出。
文宝牧师夫妇在1970年6月28日来到砂拉越古晋。当时浸信会在沙巴已有一些事工。一开始，文宝牧师从美国被差派到东南亚，他以为自己是要向华人传福音，故需要学习中文和马来文。经过两队沙巴宣教士的鼓励，加上自己的祷告，上帝就差派他来古晋，而当时开拓的事工都以英语为主。后来，美南浸信会陆续差派不同宣教士到砂不同地方，其中有哈洛牧师夫妇（Harold & Ann Clark）、卡尔牧师夫妇（Carl & Mary Yarnell）、莫礼士牧师夫妇（Charles & Erica Morris）、尔彬牧师夫妇 （Earl & Sherry Bengs）还有特门牧师夫妇（Thurman & Katie Braughton）等。
文宝牧师在1971年开始建立古晋堂，初始时在青草路聚会所开始家庭聚会、传福音给周边的人，待达到一定人数的时候，就成立一个分堂。后来，古晋堂分出中文堂。中文堂独立之后，即恩典堂，也是砂拉越唯一一间以中文崇拜的浸信教会。然而，最原始的古晋堂如今已改名为第一浸信堂，因为这间是浸信会在砂拉越的第一间教会，搬迁至古晋七哩，原址目前已成为爱加倍堂。在美里则有美里堂，后来改名为碧珊园堂。1987年，浸信会成立了成邦江堂，也在民都鲁成立了加略山堂。
浸信会不用地理命名教堂，主要是因为认为若以地名来命名教堂，假以时日，地名反倒会使事工拓展受到局限。
牧师堂会本土化
以马内利堂一开始只是在一间排屋里聚会。之后，会所是在辉圣花园一间店屋楼上；而以马内利堂也在去年（2019年），成功分堂。
以马内利堂于1975年正式成立，第一任牧师是哈洛牧师（1976年蒙主恩召，葬于卫理公会六哩的墓园，因当时以马内利堂没有自己的墓园，唯有安葬在卫理公会墓园—）。师母在牧师归主后就回到美国。后来她被差派到菲律宾的乡区宣教，最后也安息主怀。师母回天家10年后，她的女儿将她的骨灰带回古晋，让献身于古晋的牧师夫妇长眠在古晋。
后来，以马内利堂跟婆罗洲福音教会（BEM）的Kuching Evangelical Church合买一块地，并申请将土地改为墓园。今天，以马内利堂方有自己的墓园。
第二任牧师是郭越典牧师，忠心服侍至今，也是以马内利堂现任主任牧师。由于受到国家移民政策的影响，所有的宣教士不能留马超过10年；因此80年代后，牧师和堂会都本土化了。
1985年，以马内利堂开始了马来文崇拜，中文崇拜则是在1995年才开始。2011年开始伊班语崇拜。去年在10哩的巴达旺地区（Kota Badawan）购买2间店屋作为伊班长屋事工。同时，计划找一块土地建立以马内利堂的新会所。
70年代，以马内利堂在社团注册法令下注册（第一个注册的就是古晋浸信教会）。同时，美里浸信教会、以马内利浸信会也向这社团注册局申请。每个教会有一个独立的注册，就是在社团注册法令之下，每一个教会成立一个独立且合法的法人。纵然在10年间不断的申请，却都得不到批准，因为当局知道圣工会、罗马大公教会、卫理公会都有体制，即各个分堂不需独立注册，仅需母会注册。所以，社团注册局要求浸信会也沿用同样的体制，即所有分堂不需要个别在社团法令下登记，只要成为一个总会，在总会下成为分会。
当时的浸信会教会是不愿意的，因为浸信会的宗旨是：自传、自养、自立，所以认为每个教会都要自己独立。但由于法令不允许他们这样行，于是当时所有堂会领袖聚起来开会，最终同意使用这样的方法，使所有堂会成为一个合法的社团。因此，古晋浸信教会的注册就被改作“砂拉越浸信教会”。从此，“砂拉越浸信教会”成为砂拉越独一无二法令里最新的成员之一。在这个法令的保护下，浸信教会就有一个合法的地位，现已把名下的产业登记在MSO（Missionary Society ordinance) 之下。
其实，当时浸信教会非常不情愿，因为浸信会的教导一向是：自传、自养、自立，而且每个信徒都是祭师的身份；但现如今有了个总会，要怎么处理真的需要极大的智慧（求上帝带领，且需每个堂会的领袖愿意）。在这情况下，总会将持有所有分会的产业，也就是说无论分会购买任何一产业，必须要归在砂拉越总会的名下。有的会友就不明白或不情愿，他们反而更愿意在社团法令下自己拥有，或在公司和慈善法令下注册一个合法的机构。
支持乡村的事工
1987年，总会成立了一个宣教部，主要因为上帝在斯里阿曼、英吉利里兴起了一群伊班族年轻人，他们要把福音传回自己的长屋。1988年，有唯一一名伊班主任宣教士（本身是律师，他暂停自己的律师事务所，献身当了第一届的宣教士）。当时候内陆交通是非常落后的，宣教士们一天要走9个小时，跨过6条河才能到长屋。感恩的是，上帝兴起一群年轻的伊班人愿意回长屋传福音给自己的长辈。如今，砂拉越浸信会的资源主要都是用来支持乡村的事工。
砂拉越总共有5000多座长屋，很多地方交通不便。为了帮助原住民，砂拉越浸信教会也开始一些扶贫的计划，如做了6-8个迷你水力电（Micro Hydro Electric Project）。如地理适合的话，就为他们做水力发电，为长屋提供电源。
砂拉越基督徒占砂拉越人口的百分之四十二，东马基督徒人数则超过马来西亚基督徒人数的一半。伊班族约有八十多万，但身为原住民有很特殊的政治身份，对马来西亚基督教的发展也具有举足轻重的影响。伊班族是马来西亚基督教最后的营垒，所以要把福音快快地传给他们；不仅如此，还要坚固他们的信仰，因他们主导着教会的未来。当更多原住民成为信仰坚固的基督徒，相信上帝会大大地使用他们。
今天砂拉越浸信教会正在持续成长中，在12 省有33会堂。西马柔佛有好几万伊班人，并也已成立2间伊班堂。浸信教会在砂州有30个长屋聚会点及200个长屋宣教禾场。同时，也建立幼儿园、学前教育，或赞助幼儿园，务求在学前教育时就“稳固”原住民的信仰。
浸信会在砂拉越分为3区：
第一区是砂南区，即古晋、 三马拉汉、 西连，总共有10间分堂，分别是第一堂、以马内利堂、恩典堂、爱加倍堂、基督堂、福音堂、石角堂、甘地山堂、三马拉汉堂以及四阁堂。
第二区是斯里阿曼区，即斯里阿曼、木中。这区堂会有主必再来堂、英吉利里堂、巴当艾堂、板督堂、玲加堂、丰收堂、目中锡安堂、哈利路亚堂、砂拉多堂以及罗班堂。
再来是拉让江区，即：诗巫、泗里街、加帛、沐胶、加拿逸。这区的堂会则有诗巫加也堂、泗里街生命堂、加拿逸堂、宋宋镇堂、加币堂和木加堂。 最后是砂北区，即美里、民都鲁、林梦。这区的堂会有碧珊园堂、罗东堂、浦奕堂、三一堂、加略山堂、平安堂和林梦堂。除了碧珊园堂和加略山堂，其他的堂会都以原住民为主。
上帝奇妙作为让砂拉越浸信会成立一个总会，如没有总会就没有凝聚力。况且，差派宣教士或建堂时所需要的人力和财力是巨大的，就算是最大的分堂——以马内利堂也无法支撑向全砂拉越内陆原住民传福音的使命。
上帝凝聚了砂拉越所有的浸信教会，使万事互相效力，成立总部来差派伊班族的宣教士把福音传到每一个长屋里。从我们原以为是负面的事，上帝却将它变成巨大的祝福。很多伊班人从乡区来到市区，我们也在城市建立伊班会所，让他们不会深陷在这花花世界中，能依然坚固自己的信仰。
另一个重要事工是专注建立离校生的信仰。这些原住民通常会拿政府的奖学金到西马求学，浸信教会非常担心西马环境会对他们的信仰造成很大的冲击或被影响改教。为坚固他们的信仰，浸信会在五、六年前就开始“离校生生活营”（school of youth ministry），在一个月内灌输他们神学知识，教导他们如何亲近上帝以及如何灵修等，从中为他们的灵命和圣经知识打基础。2019年，参加离校生生活营的人数有45位。有鉴于土著事工在砂拉越是非常关键性、策略性的事工，求上帝不断兴起砂拉越基督教继续向他们传福音。