卓恩堂的前身为砂拉卓布道站，从1977年开始成立。当年由徐金生传道开始这里的福音事工，借用砂拉卓圣公会教堂聚会，当时会友有9位。
1979年至1981年，由泗里街怀仁堂关心布道站的工作，其中包括黄育达弟兄、黄保康弟兄、李孔章弟兄、朱新芳弟兄、朱星亮弟兄和郑仰高牧师，由他们轮流负责。1981年，蒋元祥牧师则固定每月前来布道站一次，关心福音工作。
1982年，每月第2和第4主日，由蒋元祥牧师、李孔章弟兄、江华珍女士、黄保康弟兄、朱星芳弟兄、吴传光牧师轮流负责，有的是义务服事（自掏路费），前来帮忙。
1983年，出席人数不理想，因许多会友外流、公务员调任等因素，聚会每月只进行一次。
1984年，由蒋元祥牧师、李孔章弟兄、吴传光牧师轮流负责，因没有自己的场所聚会，加上会友迁移，福音工作面对艰巨挑战。
1985年．在各种困难的因素下，包括租借的聚会地点不能继续使用，泗里街来往道路崎岖不平，布道站被迫暂停。
然而，上帝的恩典不间断，1986年底，黄巧月牧师、李剑光牧师及师母，还有怀仁堂的执事们到砂拉卓关心及探访。
1987年2月，教区会友事工部在黄巧月牧师（当时泗里街教区教区长）带领下，前来与砂拉卓布道站与会友交流，并在当晚进行家庭礼拜。5月中旬开始，每个星期五晚上就有聚会，地点在倪成安伉俪附上进行，由刘世暖传道及不同教会的牧者轮流传讲上帝的话语。黄景文弟兄则每星期负责载送牧者及弟兄姐妹，不辞辛劳，长达5年之久。教会也开始成立执事会，计划购买地皮。当年也成立了青少团。同年，也在荷万开始办主日学。
1988年至1989年，由江华珍传道牧养弟兄姐妹，在黄巧月牧师及怀仁堂执事推动和协助之下，于1988年3月3日购买了教会现今的地段。同年，教会决定建立圣堂。1989年底，圣堂与教育楼于11月12日落成。
1990年由张月明传道牧养教会，主日礼拜于下午2点进行，平均人数有20人。
1991年由吴传光牧师牧养教会，青少年团契于星期六晚上举行；主日礼拜则改于早上7时30分进行。
1992-1993年，由郑仁法牧师牧养教会，藉着打球与人建立友谊，并在1992年10月举行“飞跃晚会”，吸引许多人参与。
1994年由许小仙传道牧养教会，主日礼拜在晚上举行，并推动美化圣堂周围事工。
1995年由余爱菊传道牧养教会，开始星期四晚上的祷告会。
1996年至1998年由陈丽卿传道牧养教会，于星期三晚上进行家庭聚会，并成立图书馆及购买一辆福音车。1997年，星期三晚上改为成人主日学兼祷告会，出席人数有6位。当年10月开始有成年团契。1998年，于4月举行布道会，同时也推动读经比赛。
1999年至2003年，由陈德彬牧师牧养教会，在他的努力带领下，主日礼拜平均出席人数上升至30多位，砂拉卓布道处于2000年升格为卓恩堂，并且开始筹建新圣堂。2002年8月18日，新圣堂举行动土礼，开始了新圣堂的工程。无论是硬体设施，或灵命栽培，都明显增长及加强。2003年亦开始Pusa的福音事工，每星期聚会一次。
2004年，由黄德光牧师牧养教会，当年3月24日，成立妇女会，并继续建新圣堂事工。
2005年至2009年，由詹泰珉牧师牧养教会，在他带领之下，会友不断增加，平均人数达至45人。新圣堂于2006年5月6日落成。在詹牧师带领下，教会着重于布道事工，邀请神学院短宣队前来进行布道，詹牧师更以“香蕉布道”接触许多慕道友及未信徒。关心福音事工的范围包括：Roban、Pusa、Maludam、Debak、Spaoh、Betong等地方。2009年，除了詹泰珉牧师，年会亦委派蒋孔林传道协助牧养教会。
2010年，由王美琴牧师及黄丽莎牧师牧养教会，推动圣经之旅，抄写圣经。
2011年，王美琴牧师继续牧养教会，祷告会于每月最后一个星期五进行，并开始赞美操。
2012年至2013年，由王保凤牧师牧养教会，为青少团职员进行事奉训练会，并关怀有需要的家庭。2013年推动门徒课程，共有6位参与。
2014至2015年由卢爱玲牧师牧养教会，举办了各肢体之生活营、旅游营、门徒课程等，帮助会友灵命成长，并且接触许多慕道友。
2016至今，由李同心传道牧养教会，2016年青少团各自成立了少团及青年小组。当年也办了“台湾原住民诗歌分享会”，共接触了500位弟兄姐妹。2017年，幼儿园为了重修，办了义跑，共有200多位弟兄姐妹参与。