回溯卫理公会新福源堂历史，不得不提及爱莲街福源堂。在四十多年前，因会友逐年增加，福源堂需更大的圣堂。经过多年策划，于1963年在布律克路购得一英亩76分土地，并在1967年11月5日，由李人仆会督主持动土礼。1968年6月25日主持安放基石礼拜。1969年3月9日，由叶金豪会督与余泽瑞会长主持新圣堂落成奉献礼。
会友开始在新圣堂崇拜，并暂停在爱莲街旧堂崇拜。后来因人数不断增长，在1973年旧堂重新开放崇拜。从此有了两处崇拜——旧堂与新堂。后又因结出福音果子——建立拉让花园布道站（后为锡安堂），直到1983年3月25日，历史性的一刻来到！福源堂、新福源堂与锡安堂正式分堂，三间堂会各自处理牧区事宜、传福音工作及牧养事工。
新福源堂所关心与牧养的育德区，于1983年11月5日开始了第一次的青少年聚会。1987年执事会买下东山路独立屋作为聚会所，育德区布道站就此成立。1990年，育德区布道站升格为堂会，取名“圣道堂”，这也是新福源堂所结的果子。
1989年，本堂将原有的牧师楼改为教育楼，开办幼稚园，此项也是布道策略——藉着教育传扬福音。其他栽培事工有儿童主日学、成人主日学、门徒班、三福课程、成长八课、属会灵修班及查经班等。教会推动关怀行动小组，其中包括：监狱事工、医院探访、输血以及老中青少年的全人关怀。
1999年8月4日开始三民小学宣教事工，其中较多伊班族。2005年开始，本堂以华文崇拜现有的班底和一班伊班弟兄姐妹开始国语事工。
2007年少年团契开始转型成为少年崇拜。
2009年是新福源堂建堂四十周年，为此举办系列周年庆典，包括感恩崇拜与晚宴。
2012年3月，国语事工开始姐妹团契。2013年4月20-26日，新福源堂执事们前往韩国考察。
2013年7月1日，新福源堂开始每周一到每周六早上5时15分至6时的晨祷会。
同年，国语事工也开始了细胞小组与铃鼓班。因着国语崇拜，青少年团契与主日学人数日益增长，崇拜人数约90人，青少年团契25人，主日学则有120人。
2017年，为了有更大的空间拓展国语事工，本堂开始兴建三层楼的好牧人中心，约耗资马币350万。感恩的是，虽然经济不景气，弟兄姐妹依然去心奉献金钱、各种建筑材料与配备，奉献捐款也已超标，荣耀归于神。
同年，少年崇拜恢复少年团契的模式，一开始人数大幅度下降，目前已经稳定于100人左右。
2018年，1月14日，为了得着不谙福州语的下一代，更有效地牧养他们；第二场的福州语崇拜改为华语崇拜，并为不会说华语的弟兄姐妹提供福州语翻译，这改变让第二场崇拜对年轻人更添吸引力。
同年8月21日，本堂以马币53万购买了布律克第4巷4B独立屋充作开办托儿所之用，并于2019年1月2日举行祝福礼拜。
2019年是本堂庆祝50周年之际，有系列的庆典活动：5月1日有堂会性的家庭日以帮助弟兄姐妹更加认识本堂历史、目标与功能；5月16日（周四晚上）有“恩典之路，走到底”晚祷会，提醒大家奔走天路不能回头，只能前进，坚持走到底，永不放弃；5月17日（周五晚上）举行联合聚会“50周年相聚一堂”，为要彼此鼓励：信仰要代代传承；5月18日举行感恩崇拜与感恩晚宴，共同数算上帝恩典，共同欢庆，一同成长；5月19日为已峻工的好牧人中心进行落成奉献礼。