门徒训练就是学像耶稣 （“我小子啊，我为你们再受生产之苦，直等到基督成形在你们心里。”加四19），这不是一个时髦的方法，它是牧会的本质。当一位牧者认清门徒训练为牧会的本质时，他就能全力以赴；若能如此，就算遇到任何风雨，都不会动摇，也不会失去动力和焦点。
牧会的本质从何而来？就是一个“牧者之心”。牧者的心肠是懂得上帝的心意，上帝不愿意一人沉沦，但愿人人都悔改。牧者的心是像耶稣一样，满有怜悯的心（compassionate heart）。整本圣经都展示出上帝对人的怜悯，路加十五章的浪子比喻更是鲜明地表达出天父的心肠，反而是大儿子没有明白其父的心肠。吴正贤牧师也提到古代成语“肝肠寸断”的一个典故：猴子妈妈因为失去了猴宝宝，在追觅的过程中身亡，人们剖开其身，发现她的肠子已断裂。这比喻提醒我们身为牧者，我们的心应该是如断肠的心，如父亲等待孩子的心一样，也如欠债人的心情。
以下图表说明聚会型的教会和门徒训练型的教会的差别：
| 集会（聚会）型 | 门徒训练型 |
| 强调教理 | 强调福音的实践 |
| 敬拜形式的聚会 | 分享式的聚会 |
| 大规模的聚会 | 小组连结 |
| 单方向的传达 | 全方位的传达 |
| 组织化的关系 | 属灵家人的关系 |
| 以聚会为主 | 以服事为主 |
| 教会内部的信徒 | 活在世界中的门徒 |
我们可以透过不同形态的教会对比来看整全论。 一般上，集会型的教会容易忽略三大问题：1.忽略福音；2.忽略培育；3.忽略异象。这图表可以帮助我们检视忽略的部分。门训之道，就是情愿献出生命的教会论。
全备的门徒是在思考、感性、意志、关系和身体五方面都顺服在上帝的主权之下，并以此带来信心与生活上的一致。通过这五方面不断的成熟，渐渐成为全备的敬拜者，形成培养门徒的家庭，进行培养门徒的宣教。全备门徒的核心经文是歌罗西书一28-29，“全备的人”一词在圣经中主要表达：“与最高标准一致”、“成熟，熟透” 、“道德上的全备”。门徒之道的本质是“效法并传扬耶稣基督”，而门徒训练的土壤和环境就是小组和归纳式查经法。门徒训练的目标就是要把“一个灵魂”培育成“一个全备的人”。全备的门徒不是靠自己，其原动力乃是圣灵的工作，离开了能力的泉源，就不能有良善的牧者心肠去建立门徒。
总的来说，整全论的三个目标为：1.个人全备：要经历全人效法耶稣的属灵成熟；2.教会全备：以牧者的心来进行道成肉身的门徒训练；3.社会全备：差遣受过装备和愿意顺从召命的门徒来承担社会服事的事工。（吴正贤牧师主讲，陈倩明整理）