新冠肺炎疫情3月初蔓延至大马全国各地，导致全国在3月18日进入行动管制期（MCO），所有集会活动都必须停止。早在3月14日，卫理公会砂华人年议会已经连夜决定，自3月15日起暂停所有聚会活动，包括主日崇拜在内。

这是史上第一次因疫情而停止聚会；在此之前，“停止聚会”这种情况只有在二战时期和戒严期间曾经发生过。

3月15日的主日崇拜被迫停止，所幸一些堂会对此早有预备，纷纷转至线上，进行主日崇拜直播。这些进行线上崇拜直播的堂会有古晋三一堂、诗巫锡安堂、诗巫爱莲街福源堂、诗巫宣道堂等堂会。

有条件地复工
经过一个礼拜的安排之后，年会决定在取得准证的情况下，自3月22日起，在诗巫爱莲街福源堂进行统一直播，带领会友们进行线上主日崇拜。

砂州政府在5月5日宣布，砂州的有条件行动管制期（CMCO）于5月12日开始，并跟随联邦政府同样执行，直至6月9日。

5月13日，年会各个部门员工开始有条件地复工，即在标准作业程序（SOP）下，开始了轮流上班的日子。直至6月15日，才正式恢复全日制。

虽然在6月初，砂拉越政府公布新标准作业程序，开始允许少于30人的聚会，唯必须向有关当局提出申请。然而，由于规则受限，砂拉越联合教会属下各宗派教会，包括卫理公会砂华人年议会，经已在会议中取得共识，暂时不会向有关当局提出开放聚会所的申请。

因此，6月份继续维持统一线上主日崇拜，但也鼓励各堂会各自开辟直播频道，在符合规定的情况下，各自进行线上主日崇拜。

实体崇拜须严守SOP
6月10日起至8月31日，砂州政府跟随联邦政府落实复苏式行动管制期（RMCO），在此期间，宗教活动亦可恢复进行。

6月19日年会会长池金代牧师发出公函，指7月份圣餐主日进行线上中央直播崇拜，其他主日各堂会可自行安排线上崇拜。偏远或网络信号不强之牧区可开始12岁以上且不超过100人的实体崇拜，须严守SOP。

同时，各牧区堂会在8月份正式恢复实体崇拜，且严守SOP。惟，选择在9月才开始恢复实体崇拜之堂会，可向执行部提出申请。

7月1日起，卫理公会砂华人年议会属下堂会正式恢复实体聚会，适逢7月2日是星期四，是砂华人年议会所定、每周一次的晚间祷告会；为此，多个教会已经正式恢复实体祷告会。

7月5日则是最后一次的统一直播崇拜，之后，线上崇拜便改由各教区或各牧区自行负责。

由于集会人数限制进一步地放宽，天恩堂及新福源堂好牧人中心的国语崇拜则在7月5日经己开始恢复实体崇拜。

随后，砂州11个教区分别自行进行线上崇拜直播或录播，或视乎堂会情况而适时恢复实体主日崇拜。唯有在疫情期间，一直都处于绿区的加帛教区，除了临近诗巫区的福临堂与招福堂之外，其他堂会与布道处都已在7月第二个主日开始恢复实体崇拜。